معايير الإبلاغ عن بيانات علم الأنزيمات

عدل الوصلات
هذه المقالة يتيمة. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها
من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة

معايير الإبلاغ عن البيانات الإنزيمية (بالإنجليزية: Standards for Reporting Enzymology Data)‏ هي مبادرة للمعايير الدنيا للمعلومات تركز بشكل خاص على وضع مبادئ توجيهية للإبلاغ (وصف البيانات الوصفية) للتجارب الإنزيمية. ويدعم هذه المبادرة معهد بيلشتاين للنهوض بالعلوم الكيميائية.[1] تضع STRENDA معايير للنشر لبيانات نشاط الإنزيمات و STRENDA DB، وهو نظام إلكتروني للتحقق من صحة بيانات نشاط الأنزيم وتخزينها. وتأسست المؤسسة في عام 2004 نتيجة تحليل مُفصّل لنوعية البيانات الإنزيمية في المنشورات المكتوبة والإلكترونية.[2][3]

المنظمة[عدل]

يقود المشروع 15عالمًا من جميع أنحاء العالم يشكّلون لجنة STRENDA[4] ويدعمون العمل بخبرات في الكيمياء الحيوية وتسميات الإنزيمات والمعلوماتية الحيوية وعلم أنظمة الأحياء والنمذجة والإنزيمات الميكانيكية وعلم الأحياء الرياضي.

المبادئ التوجيهية للإبلاغ[عدل]

تقترح المبادئ التوجيهية[5] تلك المعلومات الدنيا اللازمة للإبلاغ الشامل عن البيانات الحركية والمتوازنة المستمدة من بحوث أنشطة الأنزيم بما في ذلك الظروف التجريبية المقابلة. يُقترح تناول هذه المعلومات الدنيا في منشور علمي عند الإبلاغ عن بيانات بحوث علم الأنزيمات لضمان وصف مجموعات البيانات بشكل شامل. يسمح هذا للعلماء ليس فقط بمراجعة البيانات وتفسيرها وتأكيدها ولكن أيضًا لإعادة استخدام البيانات لنمذجة ومحاكاة مسارات التحفيز الحيوي. إضافة إلى ذلك، تدعم المبادئ التوجيهية الباحثين لجعل بياناتهم التجريبية قابلة للتكرار وشفافة.[6][7][8][9]

اعتباراً من مارس 2020، أدرجت أكثر من 55 مجلة دولية للكيمياء الحيوية إرشادات STRENDA في تعليمات مؤلفيها كتوصيات عند الإبلاغ عن بيانات علم الأنزيمات.[10] مشروع STRENDA مسجل لدى[11] FAIRsharing.org والمبادئ التوجيهية هي جزء من معايير مجتمع FAIRDOM لبيولوجيا الأنظمة.[12]

الطلبات[عدل]

STRENDA DB[عدل]

STRENDA DB[13] عبارة عن منصة تخزين وبحث على شبكة الإنترنت تضمنت المبادئ التوجيهية وتتحقق تلقائيًا من البيانات المقدمة حول الامتثال لمبادئ STRENDA التوجيهية وبذلك ضمان اكتمال مجموعات بيانات المخطوطات وصلاحيتها. تمنح مجموعة بيانات صالحة رقم سجل STRENDA (SRN) ويتم إنشاء صحيفة وقائع (PDF) تحتوي على جميع البيانات المقدمة. يتم تسجيل كل مجموعة بيانات في Datacite وتعيين معرف الغرض الرقمي لإحالة البيانات وتتبعها. بعد نشر المخطوطة في مجلة تمت مراجعتها من قبل النظراء، أصبحت البيانات في STRENDA DB مفتوحة.[14][15] STRENDA DB هو مستودع أوصت به re3data و OpenDOAR. يتم حصاده بواسطة OpenAIRE. يوصى بخدمة قاعدة البيانات في تعليمات المؤلفين لأكثر من 10 مجلات للكيمياء الحيوية، بما في ذلك مجلة الكيمياء البيولوجية و eLife و PLoS. وقد أشير إليه كأداة موحدة للتحقق من صحة بيانات حركات الأنزيم وتخزينها في منشورات متعددة الجوانب.[16][17][18][19][20][21] كشفت دراسة حديثة تناولت أحد عشر منشوراً، بما في ذلك المعلومات الداعمة، من مجلتين رئيستين عن وجود إغفال واحد على الأقل في كل واحدة من هذه الورقات. وخلص المؤلفون إلى أن استخدام STRENDA DB في النسخة الحالية سيضمن إتاحة حوالي 80٪ من المعلومات ذات الصلة.[22]

إدارة البيانات[عدل]

ويعدّ مَصْرِف STRENDA DB أداة لإدارة البيانات البحثية من قبل مجتمع البحوث (مثل مشروع الاتحاد الأوروبي CARBAFIN).[23]

المراجع[عدل]

  1. ^ "Strenda - Projects - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de. مؤرشف من الأصل في 2023-04-09.
  2. ^ Kettner، Carsten؛ Hicks، Martin (1 يونيو 2005). "The Dilemma of Modern Functional Enzymology". Current Enzyme Inhibition. ج. 1 ع. 2: 171–181. DOI:10.2174/1573408054022234.
  3. ^ Apweiler، R؛ Cornish-Bowden، A؛ Hofmeyr، JH؛ Kettner، C؛ Leyh، TS؛ Schomburg، D؛ Tipton، K (يناير 2005). "The importance of uniformity in reporting protein-function data". Trends in Biochemical Sciences. ج. 30 ع. 1: 11–2. DOI:10.1016/j.tibs.2004.11.002. PMID:15653320.
  4. ^ "Commission - Strenda - Projects - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de. مؤرشف من الأصل في 2023-04-07.
  5. ^ "Guidelines - Strenda - Projects - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de. مؤرشف من الأصل في 2023-02-16.
  6. ^ Tipton، Keith F.؛ Armstrong، Richard N.؛ Bakker، Barbara M.؛ Bairoch، Amos؛ Cornish-Bowden، Athel؛ Halling، Peter J.؛ Hofmeyr، Jan-Hendrik؛ Leyh، Thomas S.؛ Kettner، Carsten؛ Raushel، Frank M.؛ Rohwer، Johann؛ Schomburg، Dietmar؛ Steinbeck، Christoph (مايو 2014). "Standards for Reporting Enzyme Data: The STRENDA Consortium: What it aims to do and why it should be helpful". Perspectives in Science. ج. 1 ع. 1–6: 131–137. DOI:10.1016/j.pisc.2014.02.012.
  7. ^ Gardossi، Lucia؛ Poulsen، Pout B.؛ Ballesteros، Antonio؛ Hult، Karl؛ Svedas، Vytas K.؛ Vasic-Racki، Durda؛ Carrea، Giacomo؛ Magnusson، Anders؛ Schmid، Andreas؛ Wohlgemuth، Roland؛ Halling، Peter J. (أبريل 2010). "Guidelines for reporting of biocatalytic reactions". Trends in Biotechnology. ج. 28 ع. 4: 171–180. DOI:10.1016/j.tibtech.2010.01.001. PMID:20149467.
  8. ^ Erb، Tobias J. (فبراير 2019). "Back to the future: Why we need enzymology to build a synthetic metabolism for the future". Beilstein Journal of Organic Chemistry. ج. 15: 551–557. DOI:10.3762/bjoc.15.49. PMC:6404388. PMID:30873239. S2CID:76665217.
  9. ^ Gygli، Gudrun؛ Pleiss، Juergen (أبريل 2020). "Simulation Foundry: Automated and FAIR molecular modeling". Journal of Chemical Information and Modeling. ج. 60 ع. 4: 1922–1927. DOI:10.1021/acs.jcim.0c00018. PMID:32240586. S2CID:214772277.
  10. ^ "Journals - Strenda - Projects - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de. مؤرشف من الأصل في 2023-04-09.
  11. ^ FAIRsharing Team (2015). "STRENDA at FAIRsharing.org". FAIRsharing. DOI:10.25504/FAIRsharing.8ntfwm. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الاستشهاد بدورية محكمة يطلب |دورية محكمة= (مساعدة)
  12. ^ "FAIRDOM Community Standards for Systems Biology". مؤرشف من الأصل في 2022-05-26.
  13. ^ "STRENDA DB Home". www.beilstein-strenda-db.org. مؤرشف من الأصل في 2023-01-31.
  14. ^ Apweiler، Rolf؛ Armstrong، Richard؛ Bairoch، Amos؛ Cornish-Bowden، Athel؛ Halling، Peter J؛ Hofmeyr، Jan-Hendrik S؛ Kettner، Carsten؛ Leyh، Thomas S؛ Rohwer، Johann؛ Schomburg، Dietmar؛ Steinbeck، Christoph؛ Tipton، Keith (18 أكتوبر 2010). "A large-scale protein-function database". Nature Chemical Biology. ج. 6 ع. 11: 785. DOI:10.1038/nchembio.460. PMC:3245624. PMID:20956966.
  15. ^ Swainston، Neil؛ Baici، Antonio؛ Bakker، Barbara M.؛ Cornish‐Bowden، Athel؛ Fitzpatrick، Paul F.؛ Halling، Peter؛ Leyh، Thomas S.؛ O'Donovan، Claire؛ Raushel، Frank M.؛ Reschel، Udo؛ Rohwer، Johann M.؛ Schnell، Santiago؛ Schomburg، Dietmar؛ Tipton، Keith F.؛ Tsai، Ming‐Daw؛ Westerhoff، Hans V.؛ Wittig، Ulrike؛ Wohlgemuth، Roland؛ Kettner، Carsten (23 مارس 2018). "STRENDA DB: enabling the validation and sharing of enzyme kinetics data". The FEBS Journal. ج. 285 ع. 12: 2193–2204. DOI:10.1111/febs.14427. PMC:6005732. PMID:29498804.
  16. ^ Fademrecht, Silvia; Pleiss, Jürgen (2018). "Enzymmodellierung: von der Sequenz zum Substratkomplex". Einführung in die Enzymtechnologie (بالألمانية). Springer. pp. 35–51. DOI:10.1007/978-3-662-57619-9_3. ISBN:978-3-662-57619-9.
  17. ^ Cornish-Bowden، Athel (2012). Fundamentals of enzyme kinetics (ط. 4th., rev. and enlarged). Wiley-VCH. ص. 413–450. ISBN:978-3-527-33074-4.
  18. ^ Emmerich, Christoph H.; Harris, Christopher M. (2020). "Minimum Information and Quality Standards for Conducting, Reporting, and Organizing In Vitro Research". Good Research Practice in Non-Clinical Pharmacology and Biomedicine (بالإنجليزية). Springer International Publishing. Vol. 257. pp. 177–196. DOI:10.1007/164_2019_284. ISBN:978-3-030-33656-1. PMID:31628600. {{استشهاد بكتاب}}: |صحيفة= تُجوهل (help)
  19. ^ Punekar, N. S. (2018). "Good Kinetic Practices". ENZYMES: Catalysis, Kinetics and Mechanisms (بالإنجليزية). Springer. pp. 131–142. DOI:10.1007/978-981-13-0785-0_13. ISBN:978-981-13-0785-0.
  20. ^ National Academies of Sciences, Engineering (2018). Open Science by Design: Realizing a Vision for 21st Century Research (بالإنجليزية). ISBN:978-0-309-47624-9. Archived from the original on 2023-03-28.
  21. ^ Harmer, Nicholas J.; Vega, Mirella Vivoli (2019). "Reaction Chemical Kinetics in Biology". Biomolecular and Bioanalytical Techniques (بالإنجليزية). John Wiley & Sons, Ltd. pp. 179–217. DOI:10.1002/9781119483977.ch9. ISBN:978-1-119-48397-7. S2CID:133422670.
  22. ^ Halling، Peter؛ Fitzpatrick، Paul F.؛ Raushel، Frank M.؛ Rohwer، Johann؛ Schnell، Santiago؛ Wittig، Ulrike؛ Wohlgemuth، Roland؛ Kettner، Carsten (نوفمبر 2018). "An empirical analysis of enzyme function reporting for experimental reproducibility: Missing/incomplete information in published papers". Biophysical Chemistry. ج. 242: 22–27. DOI:10.1016/j.bpc.2018.08.004. PMC:6258184. PMID:30195215.
  23. ^ "Documents download module". ec.europa.eu. مؤرشف من الأصل في 2023-04-17.

روابط خارجية[عدل]

علم الحيوان
علم النبات
علوم الأحياء المشتركة
مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=معايير_الإبلاغ_عن_بيانات_علم_الأنزيمات&oldid=65495978»