انتقل إلى المحتوى

قائمة الجينومات العتيقة المتسلسلة

هذه المقالة يتيمة. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها
من ويكيبيديا، الموسوعة الحرة

تحتوي هذه القائمة من الجينومات العتيقة المتسلسلةlist of sequenced archaeal genomes) على كل العتائق المعروفة التي لديها تسلسلات جينومية كاملة متاحة للعامة و التي تم تجميعها وشرحها وإيداعها في قواعد بيانات عامة. كانت ميثانوكوكوس جاناشي(Methanococcus jannaschii) أول كائنات عتيقة تم تسلسل جينومها في عام 1996. [1]

يوجد حاليًا في هذه القائمة 39 جينومًا تنتمي إلى أنواع العتائق المصدرية(Crenarchaeota)، و105 تنتمي إلى العتائق العريضة( (Euryarchaeota، وجينوم واحد ينتمي إلى العتائق الشابة(Korarchaeota) وإلى الصغروية(Nanoarchaeota)، و3 تنتمي إلى العتائق العجيبة(Thaumarchaeota )وجينوم واحد ينتمي إلى العتائق غير المصنفة، بإجمالي 150 جينومًا من عتيقا.

العتائق المصدرية

[عدل]

حمضيات

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف بنك الجينات سنة النشر
أسيديلوبس ساكاروفورانس 345-15 1,496,000 1,547 [2] CP001742 2010

Desulforococcales

[عدل]
نوع (تصنيف) السلسلة أزواج القاعدة الجينات الإحالة معرف الجينبنك سنة النشر
Aeropyrum pernix K1 1,669,695 2,694 [3] NC_000854 (NCBI Reference Sequence) 1999
Desulfurococcus kamchatkensis 1221n 1,365,000 1,521 [4] CP001140 2009
Hyperthermus butylicus DSM 5456 1,667,000 1,669 [5] CP000493 2007
Ignicoccus hospitalis KIN4/I, DSM 18386 1,297,000 1,496 [6] CP000816 2008
Ignisphaera aggregans AQ1.S1, DSM 17230 1,875,000 2,042 [7] CP002098 2010
Pyrolobus fumarii 1A, DSM 11204 1,843,000 2,038 [8] CP002838 2011
Staphylothermus hellenicus P8, DSM 12710 1,580,000 1,716 [9] CP002051 2011
Staphylothermus marinus F1, DSM 3639 1,570,000 1,659 [10] CP000575 2011
Thermosphaera aggregans M11TL, DSM 11486 1,316,000 1,457 [11] CP001939 2010

Sulfolobales

[عدل]
نوع (تصنيف) السلالة زوج القواعد الجينات الإحالة معرف الجينبنك سنة النشر
Acidianus hospitalisاسيديانوس هوسبيطالية W1 2,137,000 2,424 [12] CP002535 2011
Metallosphaera cuprina Ar-4 1,840,000 2,077 [13] CP002656 2011
Metallosphaera sedula DSM 5348 2,191,000 2,347 [14] CP000682 2008
Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 2,225,959 2,223 [15] CP000077 2005
Sulfolobus islandicus HVE10/4 2,655,000 [16] CP002426 2011
Sulfolobus islandicus L.D.8.5 2,722,000 2,996 [17] Chromosome CP001731

Plasmid pLD8501 CP001732

2009
Sulfolobus islandicus L.S.2.15 2,736,000 3,068 [17] CP001399 2009
Sulfolobus islandicus M.14.25 2,608,000 2,900 [17] CP001400 2009
Sulfolobus islandicus M.16.27 2,692,000 2,956 [17] CP001401 2009
Sulfolobus islandicus M.16.4 2,586,000 2,869 [17] CP001402 2009
Sulfolobus islandicus REY15A 2,522,000 [16] CP002425 2011
Sulfolobus islandicus Y.G.57.14 2,702,000 3,079 [17] CP001403 2009
Sulfolobus islandicus Y.N.15.51 2,812,000 3,318 [17] Chromosome CP001404

Plasmid pYN01 CP001405

2009
Sulfolobus islandicus LAL14/1 2,465,177 2,601 [18] CP003928 2013
Sulfolobus solfataricus P2 2,992,245 2,995 [19] AE006641 2001
Sulfolobus solfataricus 98/2 2,668,000 2,728 DOE Joint Genome Institute CP001800 2009
Sulfolobus tokodaii 7 2,694,765 2,826 [20] BA000023 2001

العتائق العريضة

[عدل]

أركيوجلوبي

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
أركيوجلوبس فولجيدوس الدليل التشخيصي والإحصائي للاضطرابات العقلية رقم 4304 2,178,400 2,407 [21] ايه اي 000782 1997
أركيوجلوبس فينيفيكوس SNP6، DSM 11195 1,901,000 2,194 معهد الجينوم المشترك التابع لوزارة الطاقة CP002588 2011
أركيوجلوبس العميق أف18، دي إس إم 5631 1,563,000 1,911 [22] الكروموسوم CP001857



</br>

البلازميد pArcpr01 CP001858

2010
فيروجلوبس بلاسيدوس AEDII12DO، DSM 10642 2,196,000 2,622 [23] CP001899 2011

الميثانوبيرى

[عدل]
صِنف أَضْنَى أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف GenBank سنة النشر
ميثانوبيرس كاندليري ايه في 19 1,694,969 1,691 [24] ايه اي 009439 2002

ثيرموبلازما

[عدل]
صِنف أَضْنَى أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف GenBank سنة النشر
حمض الفيروبلازما فير1 1,865,000 1,742 [25] AABC00000000 2007
بيكروفيلوس توريدوس الدليل التشخيصي والإحصائي للأمراض النفسية 9790 1,545,895 1,535 [26] AE017261 2004
ثيرموبلازما أسيدوفيلوم الدليل التشخيصي والإحصائي للأمراض العقلية 1728 1,564,906 1,478 [27] NC_002578 (تسلسل مرجعي NCBI) 2000
البلازما الحرارية البركانية جي اس اس 1 1,584,804 1,526 [28] NC_002689 (تسلسل مرجعي NCBI) 2000

العتائق العريضة غير المصنفة

[عدل]
صِنف أَضْنَى أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف GenBank سنة النشر
حمض البونيه ت469 1,486,000 1,587 معهد الجينوم المشترك التابع لوزارة الطاقة CP001941 2010

العتائق الشابة

[عدل]
صِنف أالسلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
Candidatus Korarchaeum cryptofilum أو بي إف 8 1,590,000 1,661 [29] CP000968 2008

العتائق الصغروية

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
نانوآركيوم إيكويتانس كين4-M 490,885 536 [30] AE017199 2003

العتائق العجيبة

[عدل]

سينارخياليس

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
سيناركايوم سيمبيوسوم أ 2,045,000 2,066 [31] رقم DP000238 2006

نيتروسوبوميلاس

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
Candidatus Nitrosoarchaeum limnia إس إف بي 1 1,769,000 2,171 [32] جنيه مصري00000000 2011
نيتروسوبوميلوس ماريتيموس سكم1 1,645,000 1,842 [33] CP000866 2010

العتائق غير المصنفة

[عدل]
صِنف السلاسل أزواج القاعدة الجينات مرجع معرف الجينبنك سنة النشر
العتائق المحبة للملوحة دي ال 31 غير منشور [34] CP002988 2011

انظر أيضا

[عدل]

مراجع

[عدل]
  1. ^ Bult CJ، White O، Olsen GJ، Zhou L، Fleischmann RD، Sutton GG، وآخرون (أغسطس 1996). "Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii". Science. ج. 273 ع. 5278: 1058–73. Bibcode:1996Sci...273.1058B. DOI:10.1126/science.273.5278.1058. PMID:8688087. S2CID:41481616.
  2. ^ Mardanov AV، Svetlitchnyi VA، Beletsky AV، Prokofeva MI، Bonch-Osmolovskaya EA، Ravin NV، Skryabin KG (أغسطس 2010). "The genome sequence of the crenarchaeon Acidilobus saccharovorans supports a new order, Acidilobales, and suggests an important ecological role in terrestrial acidic hot springs". Applied and Environmental Microbiology. ج. 76 ع. 16: 5652–7. Bibcode:2010ApEnM..76.5652M. DOI:10.1128/AEM.00599-10. PMC:2918975. PMID:20581186.
  3. ^ Kawarabayasi Y، Hino Y، Horikawa H، Yamazaki S، Haikawa Y، Jin-no K، وآخرون (أبريل 1999). "Complete genome sequence of an aerobic hyper-thermophilic crenarchaeon, Aeropyrum pernix K1". DNA Research. ج. 6 ع. 2: 83–101, 145–52. DOI:10.1093/dnares/6.2.83. PMID:10382966.
  4. ^ Ravin NV، Mardanov AV، Beletsky AV، Kublanov IV، Kolganova TV، Lebedinsky AV، وآخرون (أبريل 2009). "Complete genome sequence of the anaerobic, protein-degrading hyperthermophilic crenarchaeon Desulfurococcus kamchatkensis". Journal of Bacteriology. ج. 191 ع. 7: 2371–9. DOI:10.1128/JB.01525-08. PMC:2655497. PMID:19114480.
  5. ^ Brügger K، Chen L، Stark M، Zibat A، Redder P، Ruepp A، وآخرون (مايو 2007). "The genome of Hyperthermus butylicus: a sulfur-reducing, peptide fermenting, neutrophilic Crenarchaeote growing up to 108 degrees C". Archaea. ج. 2 ع. 2: 127–35. DOI:10.1155/2007/745987. PMC:2686385. PMID:17350933.
  6. ^ Podar M، Anderson I، Makarova KS، Elkins JG، Ivanova N، Wall MA، وآخرون (2008). "A genomic analysis of the archaeal system Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans". Genome Biology. ج. 9 ع. 11: R158. DOI:10.1186/gb-2008-9-11-r158. PMC:2614490. PMID:19000309.
  7. ^ Göker M، Held B، Lapidus A، Nolan M، Spring S، Yasawong M، وآخرون (أغسطس 2010). "Complete genome sequence of Ignisphaera aggregans type strain (AQ1.S1)". Standards in Genomic Sciences. ج. 3 ع. 1: 66–75. DOI:10.4056/sigs.1072907. PMC:3035270. PMID:21304693.
  8. ^ Anderson I، Göker M، Nolan M، Lucas S، Hammon N، Deshpande S، وآخرون (يوليو 2011). "Complete genome sequence of the hyperthermophilic chemolithoautotroph Pyrolobus fumarii type strain (1A)". Standards in Genomic Sciences. ج. 4 ع. 3: 381–92. DOI:10.4056/sigs.2014648. PMC:3156397. PMID:21886865.
  9. ^ Anderson I، Wirth R، Lucas S، Copeland A، Lapidus A، Cheng JF، وآخرون (أكتوبر 2011). "Complete genome sequence of Staphylothermus hellenicus P8". Standards in Genomic Sciences. ج. 5 ع. 1: 12–20. DOI:10.4056/sigs.2054696. PMC:3236042. PMID:22180806.
  10. ^ Anderson IJ، Dharmarajan L، Rodriguez J، Hooper S، Porat I، Ulrich LE، وآخرون (أبريل 2009). "The complete genome sequence of Staphylothermus marinus reveals differences in sulfur metabolism among heterotrophic Crenarchaeota". BMC Genomics. ج. 10: 145. DOI:10.1186/1471-2164-10-145. PMC:2678158. PMID:19341479.
  11. ^ Spring S، Rachel R، Lapidus A، Davenport K، Tice H، Copeland A، وآخرون (يونيو 2010). "Complete genome sequence of Thermosphaera aggregans type strain (M11TL)". Standards in Genomic Sciences. ج. 2 ع. 3: 245–59. DOI:10.4056/sigs.821804. PMC:3035292. PMID:21304709.
  12. ^ You XY، Liu C، Wang SY، Jiang CY، Shah SA، Prangishvili D، وآخرون (يوليو 2011). "Genomic analysis of Acidianus hospitalis W1 a host for studying crenarchaeal virus and plasmid life cycles". Extremophiles. ج. 15 ع. 4: 487–97. DOI:10.1007/s00792-011-0379-y. PMC:3119797. PMID:21607549.
  13. ^ Liu LJ، You XY، Zheng H، Wang S، Jiang CY، Liu SJ (يوليو 2011). "Complete genome sequence of Metallosphaera cuprina, a metal sulfide-oxidizing archaeon from a hot spring". Journal of Bacteriology. ج. 193 ع. 13: 3387–8. DOI:10.1128/JB.05038-11. PMC:3133273. PMID:21551305.
  14. ^ Auernik KS، Maezato Y، Blum PH، Kelly RM (فبراير 2008). "The genome sequence of the metal-mobilizing, extremely thermoacidophilic archaeon Metallosphaera sedula provides insights into bioleaching-associated metabolism". Applied and Environmental Microbiology. ج. 74 ع. 3: 682–92. Bibcode:2008ApEnM..74..682A. DOI:10.1128/AEM.02019-07. PMC:2227735. PMID:18083856.
  15. ^ Chen L، Brügger K، Skovgaard M، Redder P، She Q، Torarinsson E، وآخرون (يوليو 2005). "The genome of Sulfolobus acidocaldarius, a model organism of the Crenarchaeota". Journal of Bacteriology. ج. 187 ع. 14: 4992–9. DOI:10.1128/JB.187.14.4992-4999.2005. PMC:1169522. PMID:15995215.
  16. ^ ا ب Guo L، Brügger K، Liu C، Shah SA، Zheng H، Zhu Y، وآخرون (أبريل 2011). "Genome analyses of Icelandic strains of Sulfolobus islandicus, model organisms for genetic and virus-host interaction studies". Journal of Bacteriology. ج. 193 ع. 7: 1672–80. DOI:10.1128/JB.01487-10. PMC:3067641. PMID:21278296.
  17. ^ ا ب ج د ه و ز Reno ML، Held NL، Fields CJ، Burke PV، Whitaker RJ (مايو 2009). "Biogeography of the Sulfolobus islandicus pan-genome". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 106 ع. 21: 8605–10. Bibcode:2009PNAS..106.8605R. DOI:10.1073/pnas.0808945106. PMC:2689034. PMID:19435847.
  18. ^ Jaubert C، Danioux C، Oberto J، Cortez D، Bize A، Krupovic M، وآخرون (أبريل 2013). "Genomics and genetics of Sulfolobus islandicus LAL14/1, a model hyperthermophilic archaeon". Open Biology. ج. 3 ع. 4: 130010. DOI:10.1098/rsob.130010. PMC:3718332. PMID:23594878.
  19. ^ She Q، Singh RK، Confalonieri F، Zivanovic Y، Allard G، Awayez MJ، وآخرون (يوليو 2001). "The complete genome of the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus P2". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 98 ع. 14: 7835–40. Bibcode:2001PNAS...98.7835S. DOI:10.1073/pnas.141222098. PMC:35428. PMID:11427726.
  20. ^ Kawarabayasi Y، Hino Y، Horikawa H، Jin-no K، Takahashi M، Sekine M، وآخرون (أغسطس 2001). "Complete genome sequence of an aerobic thermoacidophilic crenarchaeon, Sulfolobus tokodaii strain7". DNA Research. ج. 8 ع. 4: 123–40. DOI:10.1093/dnares/8.4.123. PMID:11572479.
  21. ^ Klenk HP، Clayton RA، Tomb JF، White O، Nelson KE، Ketchum KA، وآخرون (نوفمبر 1997). "The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus". Nature. ج. 390 ع. 6658: 364–70. Bibcode:1997Natur.390..364K. DOI:10.1038/37052. PMID:9389475.
  22. ^ von Jan M، Lapidus A، Del Rio TG، Copeland A، Tice H، Cheng JF، وآخرون (يونيو 2010). "Complete genome sequence of Archaeoglobus profundus type strain (AV18)". Standards in Genomic Sciences. ج. 2 ع. 3: 327–46. DOI:10.4056/sigs.942153. PMC:3035285. PMID:21304717.
  23. ^ Anderson I، Risso C، Holmes D، Lucas S، Copeland A، Lapidus A، وآخرون (أكتوبر 2011). "Complete genome sequence of Ferroglobus placidus AEDII12DO". Standards in Genomic Sciences. ج. 5 ع. 1: 50–60. DOI:10.4056/sigs.2225018. PMC:3236036. PMID:22180810.
  24. ^ Slesarev AI، Mezhevaya KV، Makarova KS، Polushin NN، Shcherbinina OV، Shakhova VV، وآخرون (أبريل 2002). "The complete genome of hyperthermophile Methanopyrus kandleri AV19 and monophyly of archaeal methanogens". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 99 ع. 7: 4644–9. Bibcode:2002PNAS...99.4644S. DOI:10.1073/pnas.032671499. PMC:123701. PMID:11930014.
  25. ^ Allen EE، Tyson GW، Whitaker RJ، Detter JC، Richardson PM، Banfield JF (فبراير 2007). "Genome dynamics in a natural archaeal population". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 104 ع. 6: 1883–8. Bibcode:2007PNAS..104.1883A. DOI:10.1073/pnas.0604851104. PMC:1794283. PMID:17267615.
  26. ^ Fütterer O، Angelov A، Liesegang H، Gottschalk G، Schleper C، Schepers B، وآخرون (يونيو 2004). "Genome sequence of Picrophilus torridus and its implications for life around pH 0". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 101 ع. 24: 9091–6. Bibcode:2004PNAS..101.9091F. DOI:10.1073/pnas.0401356101. PMC:428478. PMID:15184674.
  27. ^ Ruepp A، Graml W، Santos-Martinez ML، Koretke KK، Volker C، Mewes HW، وآخرون (سبتمبر 2000). "The genome sequence of the thermoacidophilic scavenger Thermoplasma acidophilum". Nature. ج. 407 ع. 6803: 508–13. Bibcode:2000Natur.407..508R. DOI:10.1038/35035069. PMID:11029001.
  28. ^ Kawashima T، Amano N، Koike H، Makino S، Higuchi S، Kawashima-Ohya Y، وآخرون (ديسمبر 2000). "Archaeal adaptation to higher temperatures revealed by genomic sequence of Thermoplasma volcanium". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 97 ع. 26: 14257–62. Bibcode:2000PNAS...9714257K. DOI:10.1073/pnas.97.26.14257. PMC:18905. PMID:11121031.
  29. ^ Elkins JG، Podar M، Graham DE، Makarova KS، Wolf Y، Randau L، وآخرون (يونيو 2008). "A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 105 ع. 23: 8102–7. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. DOI:10.1073/pnas.0801980105. PMC:2430366. PMID:18535141.
  30. ^ Waters E، Hohn MJ، Ahel I، Graham DE، Adams MD، Barnstead M، وآخرون (أكتوبر 2003). "The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 100 ع. 22: 12984–8. Bibcode:2003PNAS..10012984W. DOI:10.1073/pnas.1735403100. PMC:240731. PMID:14566062.
  31. ^ Hallam SJ، Konstantinidis KT، Putnam N، Schleper C، Watanabe Y، Sugahara J، وآخرون (نوفمبر 2006). "Genomic analysis of the uncultivated marine crenarchaeote Cenarchaeum symbiosum". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 103 ع. 48: 18296–301. Bibcode:2006PNAS..10318296H. DOI:10.1073/pnas.0608549103. PMC:1643844. PMID:17114289.
  32. ^ Blainey PC، Mosier AC، Potanina A، Francis CA، Quake SR (فبراير 2011). "Genome of a low-salinity ammonia-oxidizing archaeon determined by single-cell and metagenomic analysis". PLOS ONE. ج. 6 ع. 2: e16626. Bibcode:2011PLoSO...616626B. DOI:10.1371/journal.pone.0016626. PMC:3043068. PMID:21364937.
  33. ^ Walker CB، de la Torre JR، Klotz MG، Urakawa H، Pinel N، Arp DJ، وآخرون (مايو 2010). "Nitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 107 ع. 19: 8818–23. Bibcode:2010PNAS..107.8818W. DOI:10.1073/pnas.0913533107. PMC:2889351. PMID:20421470.
  34. ^ "GOLD". مؤرشف من الأصل في 2015-03-27.
مجلوبة من «https://ar.wikipedia.org/w/index.php?title=قائمة_الجينومات_العتيقة_المتسلسلة&oldid=68660319»