وفي إمارة بني مرداس في حلب أعطى صالح المرداسي لأمراء بنو منقذ الكنانيين عام 416 هـ - 1025 م ولاية قرب شيزر وكانت القلعة تحت سيطرة البيزنطيين وتمكن سديد الملك علي بن مقلد من بني المنقذ من السيطرة على الحصن عام 1081 م لتؤسس إمارة بني المنقذ في وسط سورية.
وقد حارب أمراء شيزر الفرنجة في أفاميا أثناء حروب الفرنجة واستمر بنو المنقذ في حكم شيزر وجوارها حتى عام 552 هـ - 1157 م عند وقوع الزلزلة الكبرى التي أفنت سلالة بني المنقذ ولم ينجو إلا الأمير أسامة بن منقذ الذي كان حينها متواجداً في دمشق ، وقد أعاد نور الدين زنكي بناء القلعة وولى عليها مجد الدين بن الداية، وهدمت القلعة مرة أخرى بزلزال عام 1170 م.
وفي عام 659 هـ - 1260 م استولى سلطان حلب الملك العزيز على الحصن وبقيت القلعة قائمة بعد الهجوم المغولي على بلاد الشام فأعاد الملك الظاهر بيبرس عمارتها وتحصينها سنة 1261 م – 660 هـ
ودخلت شيزر في حوزة العثمانيين حيث بدأ عصر تراجعها البطيء حيث تحولت إلى قرية سكنية في نهاية الفترة العثمانية وقلت أهميتها العسكرية حتى تلاشت وفي النصف الأول من القرن العشرين تم إخلاء السكان من القلعة لتبقى أطلال شيزر شاهدة على فترات الازدهار والقوة التي مرت بها هذه المنطقة.
