بعد تخرج مصطفى خاطر من كلية الحقوق جامعة عين شمس التحق بكلية الآداب قسم الدراما والنقد المسرحي في الجامعة نفسها [4] ،، بدأ حياته الفنية بالاشتراك في عدد كبير من المسرحيات التي قدمها خلال الجامعة وكان رئيس فريق التمثيل ايضا وشارك ايضا في المهرجانات الخاصه بها ممثلا ومخرجا ، وحصل على عدد من الجوائز ، ثم عمل مخرجًا مع فرقة رموز التي قدم معها مسرحية حال الدنيا وهي معالجة مسرحية لنص الكاتب السوري ممدوح عدوان وقُدمت ضمن فعاليات الدورة التاسعة لمهرجان الشباب المبدع "المركز الثقافي الفرنسي" 2011 وفي الدورة العاشرة لنفس المهرجان 2012 قدم مسرحية اسمع يا عبد السميع من تأليف عبد الكريم برشيد والتي أخرجها خاطر مع فرقة حرة وكان العرض بطولة مصطفى خاطر وسارة درزاوي وفاز بطل العرض اسمع يا عبد السميع بجائزة التمثيل لمصطفى خاطر.[2] وحظى الفائزون في المهرجان باستضافة لمتابعة فعاليات مهرجان أفينيون المسرحي الفرنسي الشهير ... وفي عام 2013 عرضت مسرحية "اسمع يا عبد السميع" اخراج مصطفي خاطر مع فرقة حرة في المهرجان القومي للمسرح [5]... وفي عام 2007 تم عرض الفيلم القصير "أفلا يعقلون" من خلال فعاليات المهرجان القومي للسنيما المصريه المقام بدار الاوبرا من اخراج هاني حمدي وبطولة النجم مصطفى خاطر ... وفي مهرجان المنستير الدولي للمسرح الجامعي في عام 2009 شاركت جامعة عين شمس بالعرض المسرحي "الملك لير" لوليم شكسبير وإخراج المخرج الكبير تامر كرم وقد شارك النجم الكوميدي مصطفى خاطر بعرض الملك لير ليحصل العرض على جائزة أفضل إخراج لتامر كرم وجائزة أفضل ممثل دور تاني.[3] ... وفي عام 2010 حتى عام 2012 شارك مصطفى خاطر في مسرحية "شيزلونج" [6] على مسرح الدوله واخراج محمد الصغير وحققت نجاحا كبيرا مع الجمهور في القاهره وقد عرضت المسرحيه ايضا في الاسكندرية [7] والجزائر [8]
وفي عام 2016 نظمت دار الاوبرا المصريه ندوة خاصة تحت عنوان "الفن والقدوة في المسرح المصري" بالمسرح الصغير والتي حضرها النجم أشرف عبدالباقي، والمؤلف والمخرج نادر صلاح الدين، والنجم مصطفى خاطر، في إطار تكريم فريق العمل لما قدمه على الساحة الفنية من نجاحات على مدار الفترة الماضية وتعد هذه الندوة التكريمية لفريق عمل "مسرح مصر" هي سابقة نادرة الحدوث من قبل دار الأوبرا المصرية لتكريم أي فريق مسرحي بالقطاع الخاص على مدار سنوات طويلة [9] ... اشترك خاطر في دور طارق في مسلسل دلع بنات للمؤلف محمد صلاح العزب وإخراج المخرجة شيرين عادل. اشترك أيضا في مسلسل قلوب من تأليف هاني كمال وإخراج حسين شوكت.
إلى جانب مشاركته في الموسم الأول والثاني والثالث والرابع والخامس من سلسلة عروض تياترو مصر.